Berdasarkan Surat Keputusan Pengurus Harian Yayasan “Institut Indonesia” dengan nomor 096/SK/Y/7/80 tertanggal 5 Juli 1980 yang ditandatangani oleh KRT. Probodiningrat sebagai Ketua dan Cosmas Suharno, B.A., sebagai Sekretaris I didirikan SMA “INSTITUT INDONESIA” di Desa Sekarsuli, Kelurahan Sendangtirto, Kecamatan Berbah, Daerah Tingkat Dua Kabupaten Sleman. Selanjutnya dalam perjalanan waktu hingga kini bernama SMA INSTITUT INDONESIA SLEMAN.
SMA Institut Indonesia Sleman pertama kali menerima peserta didik baru dan menjalankan kegiatan persekolahan sejak tanggal 17 Agustus 1981. Oleh karenanya disepakati saat itu, tanggal 17 Agustus diperingati sebagai HARI JADI atau HARI KELAHIRAN SMA Institut Indonesia Sleman.
Untuk memperoleh pengakuan berdirinya SMA Institut Indonesia Sleman secara legal, pada tanggal 3 Juni 1986 disahkanlah dengan nama SMA INSTITUT INDONESIA III SEKARSULI melalui Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor 0490/H/1986 yang ditandatangani Kepala Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Daerah Istimewa Yogyakarta saat itu, Drs. GBPH. Poeger.
Saat ini SMA Institut Indonesia Sleman telah berusia hampir 40 tahun, berbagai dinamika dalam melayani peserta didik telah dilakukan secara maksimal. Dalam usia menjelang lima windu tersebut, SMA Institut Indonesia Sleman telah memiliki 5 (lima) pejabat kepala sekolah secara berturut-turut sebagai berikut:
- Bapak Isra’, SH., menjabat kepala sekolah periode tahun 1981 – 1985.
- Ibu Estiana Widarsih, SH., menjabat kepala sekolah periode tahun 1985 – 1994.
- Bapak Drs. Mujiyono, menjabat kepala sekolah periode tahun 1994 – 2003.
- Ibu Surtilah, S.Pd., menjabat kepala sekolah periode tahun 2003 – 2016.
- Bapak Drs. Totok Ariyanto, S.Pd., menjabat kepala sekolah periode tahun 2016 – sekarang.
Sejak tahun 2010, tepatnya pada periode tahun 2010-2015 SMA Institut Indonesia Sleman mendapat pengakuan pemerintah melalui Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah (BAN-S/M) sebagai sekolah swasta ter-akreditasi “A”. Status akreditasi “A” ini dipertahankan SMA Institut Indonesia Sleman untuk periode 2015-2020 melalui SK Penetapan Hasil Akreditasi BAP-S/M nomor 22.01/BAP-SM/TU/X/2015 pada tanggal 22 Oktober 2015 yang ditandatangani oleh Drs. Suhadi sebagai Ketua Badan Akreditasi Provinsi Sekolah/Madrasah Daerah Istimewa Yogyakarta.
Kemudian sertifikasi atas Status Akreditasi “A” ini diperpanjang hingga tanggal 31 Desember 2021 melalui Surat Keterangan Perpanjangan Sertifikat Akreditasi Sekolah/Madrasah nomor 458/BAN-SM/SK/2020 yang ditandatangani secara elektronik oleh Dr. Toni Toharudin, M.Sc., sebagai Ketua Badan Akreditasi nasional Sekolah/Madrasah.